巴赫在指挥方面技巧高人一等,但是对乐团的训练也是严格到了极点,给人留下近似托斯卡尼尼的佳话。当乐团的演奏不能如己意时,巴赫会狂怒,甚至抓起自己头上的假发用力摔向表现不佳的团员,并且大声咆哮:「你还是去当鞋匠吧!」因此乐队的团员不但敬畏他三分,相对的也憎恨他七分。
但是他的指挥的确是超人的。一七三八年,约翰‧马杏亚斯‧杰斯纳对巴赫的指挥有如下的描绘:「巴赫弹着大键琴,边唱着自己的声部,同时指挥三四十人的乐队,挤眉弄眼注视第一个人,对另一个人用脚踏地,第三人却给予威吓,以保持乐团的秩序。对最前面的人示以高音域,第二人示以中音域,而且不管团员们的任务有多繁重,一旦有些微的瑕疵过失,必提出严重的纠正,监视全体,务必正确无比方罢休。乐曲的节奏通过巴赫的全身,用敏锐的听觉捕住和弦,一切声部都由他自己用那有限的音域来示范…」
杰斯纳与巴赫有亲密的交往,为一位古典学者,一七三○年担任莱比锡托玛斯学校的校长,一七三四年被招聘到德国中部都市的Gottingen大学而离开莱比锡。上面这篇短文是杰斯纳在莱比锡任职中见到的光景,事后回忆而写出来的。