很多人以为莫扎特是被当时另一位音乐家Salieri所毒死,Salieri是知名的意大利歌剧作家及作曲家,因为嫉妒莫扎特才华因而痛下杀手,这个传闻是很好的电影题材,1984年电影「阿玛迪斯Amadeus」 是导演Milos Forman根据1979年Peter Shaffer的舞台剧改编的电影,就把这一段纳入剧情里,然而这个说法并无相关证据可以佐证。
从现代医学的观点,透过追查就医纪录,当时医师诊断所用名词今日如何解释,并利用现代诊断工具,如DNA分析毛发、化学物质的分析等,去了解可能的死亡原因,或者最后生命阶段的奇怪行为,与作品的特异等,还是可以循着各项轨迹去找到音乐家死亡的原因。
实际上,莫扎特自6岁起就曾因演奏劳累过度得到猩红热及红节结,7岁患风湿性关节炎,8岁得扁桃腺炎,9岁罹患伤寒,从小他就是体弱多病常挂病号,并多次感染链球菌而引起的各种疾病,让他的健康早已受到相当程度的影响。而他死亡前有感到“嘴唇的死亡滋味”和下肢水肿,显然是尿毒症后期的现象,因此,从理性的分析来说,莫扎特最可能的死亡原因是末期肾脏病、尿毒症并发肺炎,而非被他的死对头Salieri下毒杀害。